蛋白组学分析-肽质量指纹谱技术
蛋白质组学是当前生命科学研究的前沿领域。对蛋白质快速、准确的鉴定是蛋白质组学研究中必不可少的关键性的一步。采用MALDI-TOF-MS测得肽质量指纹谱（PMF）在数据库中查询识别的方式鉴定蛋白质，是目前蛋白质组学研究中最普遍应用的最主要的鉴定方法。
定量蛋白质组学——Label Free
非标记定量蛋白质组学（Label Free）是近年来比较常见的一种对样本中蛋白质进行大规模相对定量分析的分析方法。
蛋白质相互作用网络分析
蛋白质相互作用网络中信号流向方向预测；根据网络的拓扑性质，挖掘网络重要节点（如hub节点，crosstalk节点）；根据功能信息注释，进行网络模块化
药物多肽的全序列测定
药物多肽的全序列测定采用埃德曼技术，其特点:1、蛋白质/多肽的N末端氨基酸序列测定2、能连续测定N端60个以上的氨基酸序列3、样品来源:天然提取（动物/植物/微生物）；合成多肽；表达重组等
单一蛋白的高覆盖度分析
iTRAQ/TMT蛋白组定量分析 SILAC蛋白组定量分析 Label Free非标定量分析 半定量分析（spectral count） 鸟枪法蛋白全谱分析 2D蛋白胶点鉴定 单一蛋白高覆盖度分析
修饰技术-泛素化Label Free标记定量
（一类低分子量的蛋白质）分子在一系列特殊的酶作用下，将细胞内的蛋白质分类，从中选出靶蛋白分子，并对靶蛋白进行特异性修饰的过程，与蛋白质降解和功能调控密切相关。泛素化在蛋白质的定位、代谢、功能、调节